Rurey se situe entre Quingey et Ornans, ses villages voisins sont Epeugney, Cademène, Lizine, Chatillon-sur-Lison, Rouhe, Courcelles, Chenecey-Buillon.
Grâce aux recherches des spéleo du club de Montrond-le-Chateau il est prouvé que le village est accolé à une longue faille géologique NE-SO du faisceau Salinois qui a créé par son rejeu important une ligne de sources issues d'un étage marneux surplombant le village sur la butte témoin de La cote d'où les ruisseaux... Étagée de 300m (Loue) à 500m (sur la cote) la commune présente presque toutes les formes classiques du relief karstique avec notamment les falaises sur la Loue, les résurgences (la Froiière) les gouffres les grottes. Une incertitude de taille demeure : le front glaciaire s'est-il étendu jusque sur la cote ? Les spéleos ont observé l'absence de colmatage à l'est de la faille ce qui autoriserait l'hypothèse d'un front glaciaire sur Rurey. Rurey est au cœur de la vaste zone Natura 2000 "Loue-Lison" créée pour la protection d'espèces rares (grand duc, faucon pèlerin, pie écorcheuse, écrevisse à patte blanche, apron,etc...).
Source : http://fr.wikipedia.org/wiki/Rurey